หน่วยงานหลักที่ทำหน้าที่กำกับดูแลการดำเนินงานในด้านต่าง ๆ ของบริษัทฯ มีดังนี้

1. กระทรวงคมนาคม ซึ่งเป็นกระทรวงเจ้าสังกัดจะดูแลให้เป็นไปตามกฏหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ และนโยบาย

2. สำนักงานคณะกรรมการและพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ จะพิจารณาโครงการแผนงานของบริษัทฯ โดยคณะอนุกรรมการของการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติโดยจะพิจารณางบลงทุน ของบริษัทฯ เพื่อสนองต่อคณะกรรมการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติและคณะรัฐมนตรีต่อไป

3. สำนักงบประมาณ มีหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับการวิเคราะห์นโยบาย แผนงานและโครงการของบริษัทฯ ที่จะขอรับเงินอุดหนุนจากรัฐบาลจัดทำและจัดสรรเงินอุดหนุนให้บริษัทฯ รวมทั้งควบคุมและติดตามหนี้เงินกู้

4. กระทรวงการคลัง มีหน้าที่ในการรับผิดชอบและวิเคราะห์งานด้านการเงิน และการบัญชีของบริษัทฯ ให้ความเห็นชอบเกี่ยวกับผลการตอบแทนต่าง ๆ ของพนักงาน

5. สำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน รับผิดชอบในการตรวจบัญชีของบริษัทฯ รับรองฐานะการเงินและตรวจสอบด้านการจัดการ